Voici le petit bout de code, très simple, qui permet de récupérer la version d’un plug-in.

Activator.getDefault().
      getBundle().getHeaders().
      get(org.osgi.framework.Constants.BUNDLE_VERSION) ;

Pour manipuler de manière un peu plus poussée ce numéro de version, la méthode org.osgi.framework.Version#parseVersion(String) est votre amie.
Vous pourrez dès lors, sur l’objet Version que vous récupérerez, comparer proprement des versions entre elles, récupérer les différents composants de la version (major, minor, micro, qualifier), etc.

Bien sûr, vous vous en doutez, tous les autres en-têtes du manifeste de votre plug-in sont récupérable selon le même principe (Bundle-Copyright, Bundle-Vendor, …)